不該用藥時，卻用了藥
乙肝患者中的80%左右，都是乙肝病毒攜帶者，尤其是兒童和少年，處於免疫耐受階段，此時對各種治療無應答，各種治療用藥都起不到理想的效果，此時大量用藥治療，不僅浪費錢財，還會打破機體免疫沉默狀態，使得肝功能出現異常，有時這種異常反反復復，纏綿難愈。
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該用藥時，用錯了藥
不少乙肝患者肝功能異常，氨基轉移酶升高，本應是抗病毒治療的時機，應該使用合適的抗病毒藥物，但是卻使用抗肝纖維化藥物，使得肝功能異常加重。肝硬化腹水，應該加強利尿，補充白蛋白，但是卻用上干擾素等抗病毒藥物，致使肝功能進一步惡化。
藥物劑量過大
中藥治療乙肝非常普遍，一些中藥處方中的個別藥劑量過大，超過國家藥典規定的幾倍，例如川楝子用量達到20克，山豆根達到30克。這些中藥超量使用，對肝髒損害明顯。對兒童患者，劑量一定要把握准確，使用任何藥物治療，都需要根據千克體重數，換算成正確的治療劑量。
藥物劑量過小
干擾素治療乙肝的合適劑量是300萬～600萬單位/隔日，出於對干擾素不良反應的擔憂，不少患者使用的劑量偏小，而300萬單位/隔日以下的劑量，往往起不到治療效果，反而會贻誤病情，甚至產生耐藥性。
用藥時斷時續
有些病人用藥不連貫，想起來就吃藥，想不起來就斷藥;工作一忙，就忘了吃藥;一出差，又忘了吃藥，這些問題時有發生，這種時斷時續用藥，不能保證藥物在血液中恆定和有效的濃度，達不到控制疾病發展的目的。
用藥療程不足
乙肝的抗病毒治療需要時間較長，一個療程至少需要半年至一年時間，其中干擾素療程至少為半年，拉米夫定為一年以上，如果療程太短，根本起不到抑制病毒的作用。抗肝纖維化的療程同樣需要漫長的時間，例如使用復方丹參制劑、復方蟲草制劑等，都需要一年以上的時間，短期使用，起不到軟化肝髒、降解肝髒纖維組織的目的。
