HCV存在著許多基因型，在世界不同地區至少存在6個基因型、50個亞型。HCV基因型分析具有一定的臨床價值。因為有研究顯示HCV基因型與其致病性、肝細胞癌（HCC）發生及干擾素（IFN）療效有一定關系。HCV也可應用病毒蛋白抗原性不同進行分型。目前采用這方法可區分HCV基因型（HCV-1、2、3型），但仍不能區分HCV亞型。抗原分型的優點在於成本低、操作方便。HCV基因型與治療反應率也有密切相關。一般認為HCV-2及3型對IFN的反應優於HCV-1型。
肝硬化及肝癌患者HCV-1b型明顯高於慢性肝炎。另外慢性肝炎的HCV-1b型發現率高於無症狀獻血員及ALT正常的個體。但未發現HCV基因型與肝病嚴重度、死亡率及肝癌發生率之間有關。HCV-1b型復發丙型肝炎其肝病較其他基因型為重。
因此，有關HCV-1b型是否具有更嚴重的致病作用還不清楚。由於每一基因型均可分布在各期肝病中，因此HCV基因型不能作為評價肝病嚴重程度的一個指標。
