目前，肝癌仍是各種實體瘤中預後最差的惡性腫瘤之一。盡管近年來一些治療研究中心在肝癌的早期診斷治療方面有所進展，使部分肝癌病人的預後有所改善，但就全部肝癌發病人群而言，預後仍很差。
可影響肝癌預後的因素很多：如從性別上發現女病人的生存期較長，腫瘤的大小、單個或多發、有無包膜及有無門靜脈癌栓等，也影響肝癌的預後，根據肝癌病期不同，所選擇的治療手段恰當與否直接影響著肝癌的預後，另外，肝癌的病期，手術後復發的預防與治療對預後有影響。
肝癌癌細胞生長極為活躍，侵襲性強，易侵犯包膜和血管，致局部擴散和血道轉移而影響預後。
肝癌的早期轉移及轉移問題對預後有直接影響。肝癌經血道向肝外器官轉移可發生在肝癌早期。晚期HCC患者中有95％出現周圍血白蛋白漲NA陽性，說明肝癌細胞人血。肺為HCC肝外最常見的轉移器官，約占90％，其次為骨、腎上腺、腎、腦等器官。
肝癌的生長部位對預後有影響。位於肝包膜下的癌結節可由於不斷生長或肝內癌結節巨大向肝外贅生，可發生破裂出血至腹腔內。直接脫落進入腹腔的肝癌細胞可引起種植性轉移，形成多個癌灶，進而形成腹膜癌症，導致惡性腹水的形成。
