急性丙型肝炎屬於治療對象，及時治療可防止慢性化。所有慢性丙肝病人，最好都有治療的機會，但目前只有一部分經過選擇的才適合干擾素治療。
主要的適應症是易發展的肝硬化的高危病人，臨床上ALT持續或反復增高、HCV-RNA陽性、肝活檢有匯管區或橋轉纖維化、或至少有中等程度炎症和壞死。另一組ALT增高，肝活檢僅有輕度壞死炎症，沒有纖維化的病人，是否應立即治療，還不清楚，或許可以追蹤觀察，每隔3-5年再作一次肝活檢後決定。小於18歲和大於60歲的病人，不推薦用干擾素治療。
對於ALT正常的HCV感染病人，現有資料並不證明干擾素有好處，反而可引起ALT增高，故暫不予治療。有吸毒或酗灑者，需停止吸毒或禁酒6個月後才可進行治療。慢性丙肝合並HIV感染者，如病情穩定，臨床和免疫功能良好者，可按照上述的劑量和療程用干擾素治療。
病人如有嚴重憂郁症的病史、血細胞減少、甲狀腺機能亢進、腎移植和自身免疫病，均應作為禁忌症。
