丙肝感染的發病機制主要包括免疫介導和HCV直接損傷兩種，宿主因素包括人體的先天性免疫反應、細胞免疫反應和體液免疫等；病毒因素包括病毒的基因型、病毒多肽的免疫原性、復制能力等；飲酒、免疫抑制劑的使用等因素對HCV的感染病程也有影響。丙肝傳染方式不包括噴嚏、咳嗽、接吻、擁抱、食物、飲水、共用餐具和水杯、無皮膚破損及其他無血液暴露的接觸。
丙肝主要通過以下途徑傳播：
一、血液傳播
經輸血和血制品傳播由於抗-HCV存在窗口期、抗-HCV檢測試劑的質量不穩定及少數感染者不產生抗-HCV，因此，無法完全篩出HCV陽性者，大量輸血和血液透析仍有可能感染HCV。經破損的皮膚和黏膜傳播這是目前最主要的傳播方式，在某些地區，因靜脈注射毒品導致HCV傳播占60%～90%。使用非一次性注射器和針頭、未經嚴格消毒的牙科器械、內鏡、侵襲性操作和針刺等也是經皮傳播的重要途徑。一些可能導致皮膚破損和血液暴露的傳統醫療方法也與HCV傳播有關；共用剃須刀、牙刷、紋身和穿耳環孔等也是HCV潛在的經血傳播方式。
二、性傳播
體液等途徑。
三、母嬰傳播
抗-HCV陽性母親將HCV傳播給新生兒的危險性為2%，若母親在分娩時HCVRNA陽性，則傳播的危險性可高達4%～7%；合並HIV感染時，傳播的危險性增至20%。HCV病毒高載量可能增加傳播的危險性。
四、其他途徑
見於15%～30%的散發性丙型肝炎，其傳播途徑不明。
