在醫學上，病毒的繁殖被稱之為“復制”，這是因為它不像細胞和寄生蟲那樣通過細胞核分裂等方式繁殖，而是像我們鑄造機器零件一樣，按照一定的模具復制出來的。在復制的過程中，有兩個很重要的因素：一個是催化劑，另一個是模板。沒有這兩個因素，乙肝病毒就不能復制。
乙肝病毒復制的“催化劑”叫做乙肝病毒dna聚合酶(hbv dna-p)。這種酶存在於乙肝病毒的內核，與乙肝病毒的核心抗原(hbcag)、e抗原(hbeag)和病毒基因(dna)共同構成乙肝病毒的核心。它的作用就是"催化"乙肝病毒基因按照一定的模板復制出dna鏈。沒有這種聚合酶的作用，乙肝病毒的復制就會停止。因此，抑制乙肝病毒dna聚合酶的藥物，即可直接抑制乙肝病毒的復制。
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乙肝病毒復制的“原始模板”是cccdna。這種原始模板是怎樣形成的呢?乙肝病毒的基因組(dna)是由兩條螺旋的dna鏈圍成的一個環形結構。其中一條較長負鏈已經形成完整的環狀;另一條長度較短的正鏈，呈半環狀。在感染肝細胞之後，這條半環狀的dna鏈要以負鏈為模板，在催化劑──乙肝病毒dna聚合酶的作用下延長，最終形成完整的環狀。這時的乙肝病毒基因組就形成了一個完全環狀的雙股dna。我們把這種dna稱做共價閉合環狀dna(即cccdna)，似乎可以把它看作是病毒復制的原始模板。模板形成後，按照模板的形狀復制新的病毒基因就很容易了。病毒基因會以其中的一條cccdna為模板，利用肝細胞基因中的酶和dna聚合酶的"催化"，一段基因又一段基因地復制，形成負鏈、正鏈。最後再裝配到一起形成新的乙肝病毒dna顆粒。
有人把cccdna比做乙肝病毒復制的“種子”，我卻認為把它比做“野草根”更為適合。俗話說：“拔草容易，除根難”，這種cccdna是乙肝病毒復制中重要的中間產物，一旦它在肝細胞核內形成，就具有了高度的穩定性，可長期存在於肝細胞內，不但起著剛才所說的“模板”作用，而且還像深深扎根在泥土裡野草一樣很難完全清除。不論用什麼抗病毒藥物，不論胞漿內的dna受到多大的抑制，也不論用藥的時間有多久，均很難清除這種cccdna。只要肝細胞內有很少量的cccdna，當停藥後，核內的cccdna又可再次成為病毒復制的"模型"，繼續復制乙肝病毒的dna。這樣就造成了一些抗病毒藥物停藥後的“反跳現象”。
乙肝病毒復制也有“冬眠”的時候。當感染機體的乙肝病毒處於e抗原陰性、e抗體陽性的“小三陽”狀態時，就是乙肝病毒復制的冬眠期。這時，乙肝病毒幾乎無復制，它的野草根cccdna深深地隱藏在肝細胞核內處於休眠狀態。但這種狀態的病毒還可能“復活”，可能由於某種因素誘發其重新轉變為e抗原陽性的病毒復制狀態。在乙肝病毒的冬眠期，病人的病情相對平穩，傳染性也很小，但目前所有的抗病毒藥物也對藏在細胞深處的休眠病毒基因也奈何不得。因此，在這一時期使用何種抗病毒藥物都是徒勞的。
人類從發現乙肝病毒顆粒，到解開病毒復制之迷，又到現在抑制病毒dna聚合酶藥物的發現，一步一步地前進。相信不久，斬草除根的藥物、對抗“冬眠期”病毒的藥物將會出現，人類終究會戰勝乙肝病毒的一頑敵。
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