按組織發生可將肝癌分為肝細胞癌、膽管上皮癌、混合性肝癌三大類。
(1)肝細胞癌：癌細胞起源於肝實質細胞。分化較好者，癌細胞類似肝細胞，分化差者，癌細胞異型性明顯，呈多邊形，胞漿豐富，呈顆粒狀，明顯嗜酸性染色，有時可見膽汁小滴，胞核大深染，可見多核分裂，癌細胞排列呈條索狀或巢狀，其間血窦豐富，無其他間質。此型最常見，約占肝癌的80%～90%。
(2)膽管上皮癌：癌細胞起源於肝內膽管上皮。其組織結構多為腺癌或單純癌。癌細胞較小，胞漿清晰透明，胞漿中無膽汁，形成大小不一的腺腔，間質多而血窦少。此型比較少見。
(3)混合型肝癌：癌組織中既有肝細胞癌又有膽管細胞癌結構。此型最少見。此外，近年來還發現有些少見類型肝癌，如透明細胞型、巨細胞型、硬化型、纖 維板狀層型。這些類型肝癌預後均較好。
