在肝腺癌的治療中，手術切除為首選方法。肝腺癌的手術方式視腫瘤大小、位置不同而異，可作局部、肝葉或半肝切除，肝腺癌早期進行手術切除是提高生存率的關鍵，腫瘤越小，五年生存率越高。適宜手術的肝腺癌患者有以下幾類：1，診斷明確，估計病變局限於一葉或半肝者;2，無明顯黃疸、腹水或遠處轉移者;3，肝功能代償尚好，凝血酶時間不低於50%者;4，心、肝、腎功能耐受者。目前公認在肝腺癌的治療中，局部切除較規則肝葉多達到的治療效果好，術後肝功能紊亂減輕，手術死亡率亦降低。
肝腺癌對放療化療不敏感，因此放化療在肝腺癌的治療作用不突出，但由於放射源、放射設備和技術的進步，各種影像學檢查的准確定位使放射治療在肝腺癌的治療中地位有所提高，療效亦有所改善。有統計報道說放射總量超過40Gy(4000rads容氣量)合並理氣健脾中藥使肝腺癌患者一年生存率達72.7%。另外，對肝腺癌較為有效的化療藥物以CDDP(順鉑)為首選，常用的還有5Fu、阿霉素(ADM)及其衍生物、絲裂霉素、VP16和氨甲喋呤等。一般認為單個藥物靜脈給藥對肝腺癌的治療效果較差。采用肝動脈給藥和(或)栓塞，以及配合內、外放射治療應用較多，效果較明顯。
另外，中醫與肝腺癌的治療也有很深的歷史淵源。肝腺癌屬於中醫“肝積”、“肝壅”、“肥氣”、“痞氣”、“積氣”、“積聚”、“癞瘕”、“鼓脹”、“脅痛”、“黃疸”的范疇，認為肝腺癌是由於正氣虛損，邪氣乘襲，蘊結於髒腑，血行不暢，痰瘀毒結而形成的。並通過病因分析，發現肝腺癌的發生與脾髒關系密切，所以中醫治療肝腺癌臨床上多用健脾益氣的方法，對延長肝腺癌患者的生存期、提高肝腺癌患者的生存質量有重要作用。中醫學作為我國的特色醫學，在肝腺癌治的治療方面積累了豐富的臨床經驗，中國中醫科學院作為國內中醫藥的領軍機構，在國家的支持下，在治療肝腺癌方面取得了一系列研究成果，余桂清教授提出的“抑扶平衡療法”已經成為中醫中藥治療腫瘤的基本指導思想之一。另外，扶正消症膠囊，健脾益腎顆粒等中成藥也對肝腺癌的治療起到很好的療效，配合西醫的治療手段，一方面能協同抑制腫瘤，一方面能調節人體免疫，減輕西醫治療的副反應症狀。
總的來說，肝腺癌的治療應以手術切除為首選方法，中晚期及發生轉移而無法手術的肝腺癌患者，多主張采用中西醫結合的綜合療法。
