並發症可由肝癌本身或並存的肝硬化引起，常見於病程晚期，故常是致死的原因。
(一)肝性腦病 常為終末期的並發症，占死亡原因的34.9%。
(二)消化道出血 占死亡原因的15.1%。合並肝硬化或門靜脈、肝靜脈癌栓者可因門靜脈高壓而引起食管或胃底靜脈曲張破裂出血。也可因胃腸粘膜糜爛、凝血機制障礙等而出血。
(三)肝癌結節破裂出血 發生率約9～14%。肝癌組織壞死、液化可致自發破裂或因外力而破裂。如限於包膜下可有爭驟疼痛，肝迅速增大;若破入腹腔引起急腹痛，腹膜刺激征，嚴重者可致血性休克或死亡。輕者經數天出血停止，疼痛漸減輕。
(四)血性胸腹水 膈面肝癌可直接浸潤或經血流或淋巴轉移引起血性胸水，常見於右側。
(五)繼發感染 因癌腫長期的消耗，抵抗力減弱，尤其在放射和化學治療後血白細胞下降者，易並發各種感染，如肺炎、腸道感染、真菌感染等。
