AFP是當前診斷肝細胞癌最特異的標志物。AFP是胎兒時期肝髒合成的一種胚胎蛋白，當成人肝細胞惡變後又可重新獲得這一功能。由於孕婦、新生兒及睾丸或卵巢的生殖腺胚胎癌亦可出現，入AFP對肝細胞肝癌僅有相對特異的診斷價值。因檢測方法靈敏度的提高，在一部份肝炎、肝硬化及少數消化道癌如胃癌、結腸癌、胰腺癌等轉移性肝癌亦可測得低濃度AFP。故AFP檢測結果，必須聯系臨床才有診斷意義。
目前多采用放射免疫法(RIA)或AFP單克隆抗體酶免疫(EIA)快速測定法檢測血清AFP含量，正常人血清中可沒理微量，小於20μg/L水平。肝細胞癌增高者占70～90%。通常AFP濃度與腫瘤大小有相關，但個體差異較大，一般認為病理分化接近正常肝細胞或分化程度極低者AFP常較低或測不出。國外公認標准往往偏高，易於漏診。我國重視中等和低濃度AFP增高的動態觀察。臨床實踐中對AFP低濃度者常須結合影像診斷技術進行隨訪，有助於及早確立診斷。肝癌常發生在慢性活性肝病基礎上故須加以鑒別。慢性肝炎，肝炎後硬化有19.9%～44.6%患者AFP增高，濃度多在25～200μg/L之間，良性肝病活動常先有丙轉氨酶明顯升高，AFP呈相隨或同步關系，先高後低，一般在1～2月內隨病情好轉，轉氨酶下降，AFP隨之下降呈“一過性”。有時良好肝病活動AFP亦可呈反復波動、持續低濃度等動態變化，但必須警惕肝病活動的同時可能有早期癌存在。
其他肝癌標志物的檢測：近年來現血清AFP陰性的原發性肝癌有增多趨勢，因此，開發更新、更特異、更敏感的標志物已成為緊迫的課題，尋找癌胚特性的同工酶及異質體;尋找特異亞組成成份為當前肝癌血清標志物研究的方向。近年來國內外報道對肝癌診斷具有較高價值的有：
①r-GT同工酶(GGTⅡ)：應用聚丙烯酰胺梯度電泳分離法可顯示同工酶12條帶。Ⅰ?、Ⅱ、Ⅱ?帶是原發性肝癌的特異條帶，陽性率為79.7%，AFP陰性者此酶陽性率為72.7%。
②甲胎蛋白異質體(Fuc AFP)：目前以扁豆凝集素(LCA)親和交叉免疫自顯影法測定AFP異質體診斷價值為高。有二種異質體即LCA非結合型(AFP-N-L)和結合型(AFP-R-L)。肝癌含AFP-N-L平均49.13±27.20%(0～100%)，<75%為肝癌診斷標准，陽性率86.0%，隨病情惡化而降低。非癌肝病AFP-N-L為93.30±7.66%，假陽性率為1.6%。
③異常凝血酶原：肝髒合成凝血酶原無活性前體，經維生素K，r羧化為活性形式。肝癌時，肝癌細胞的微粒體內維生素K依賴性羧化體系功能障礙，羟化酶活力下降，導致谷氨酸羧化不全，從而形成異常凝血酶原。最近人們發現肝癌細胞自由具有合成和釋放異常凝血酶原的功能。國內用放射免疫自顯影法測定異常凝血酶原≥250μg/L，為標准，肝癌陽性率為69.4%，AFP低濃度和AFP陰性肝癌的陽性率分別為68.3%和65.5%，小肝癌符合率為62.2%，多數資料表明異常凝血酶原對原發性肝癌有較高的特異性性，各種非癌肝病、繼發性肝癌及良性肝腫瘤的假陽性極低，可能成為有價值的肝癌標志物。
④血清巖藻糖苷酶(AFu)：AFu屬溶酶體酸性水解酶類，主要生理功能是參與巖糖基的糖蛋白、糖脂等生物活性大分子的分解代謝。AFu超過110Kat/L應考慮原發性肝癌，國內報道AFu診斷原發性肝癌的陽性率為81.2%，對AFP陰性肝癌和小肝癌陽性率分別為76.1%和70.8%，繼發性肝癌、良性肝占位病變均陰性，但肝硬化、慢性肝炎的假陽性較高。
⑤M2型丙酮酸激酶(M2-PyK)：丙酮酸激酶(PyK)是糖酵解中的關鍵酶，有L，R，M1M2(k)型4種同工酶，胎肝及肝癌組織中主要是M2(K)可視為一種癌胚蛋白，ELIS夾心法可測到Pg級微量靈敏度高的癌標志。正常值為575.8±259.5ng/L肝癌者較正常高5倍，在小肝癌階段即明顯增高，分化愈差M2-PyK值得高愈明顯。陽性率5.2%，消化道腫瘤亦可升高，而肝炎、良性肝腫瘤不高。
⑥同工鐵蛋白(AIF)：同工鐵蛋白在肝癌時由於肝癌細胞合成增多，釋放速度加快故對肝癌診斷有一定意義。正常人為16～210μg/L300μg/L為診斷界值，肝癌患者72.1%超過此值，假陽性為10.3%，AFP陰性或低濃度AFP肝癌陽性率66.6%，<5cm的小肝癌陽性率62.5%。
⑦α-抗胰蛋白酶(AAT)：人肝癌細胞具有合成分泌AAT的功能，當腫瘤合並細胞壞死和炎症時升高，用免疫過氧化酶技術顯示肝癌時高於4000ng/L者占74.9%，良性肝病為3～10.9%，AFP陰性肝癌陽性率22.7%。
⑧醛縮酶同工酶A(ALD-A)：肝癌時ALD-A出現並增高>800ng/ml時有助診斷，AFP陰性肝癌陽性率為73.6%。
綜述上述肝癌標志物對原發性肝癌尤其是AFP陰性病例的診斷有輔助意義，但仍不能取代AFP在肝癌診斷中的地位。根據實踐經驗聯合檢測優於單檢測，血清AFP檢測聯合1～2茂肝癌標志物即可明顯提高原發性肝癌的陽性檢出率。臨床分析中尚應結合病史、影像診斷學或組織學資料綜合判斷，才能得出准確結論。
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