在病原學與分子生物學方面HAV為RNA病毒，屬微小RNA病毒科，原認為歸腸道病毒72型，現認為應另列一屬（肝病毒屬）。因HAV具有以下特點：
①嗜肝性；
②細胞培養周期長，一般不引起細胞病變；
③病毒位於細胞內，很少釋放至細胞外；
④耐熱，60℃1小進仍有傳染性。
HAV-RNA 基因組只含38%鳥嘌呤和腺嘌呤核苷酸，遠低於其他腸道病毒。
HAV在體外組織培養成功。主要在肝實質細胞中復制，尚未證明在其他組織中復制目前只有1個血清型和1個抗原抗體系統。
關於HAV基因型，1981年HAV部分基因組互補DNA（cDNA）已被克隆，目前對野毒株HAV基因組核苷酸序列已研究清楚。HAV基因組（HAV-RNA）由3部分組成：
①5'-非編碼區，位於基因組前段，對HAV復制有重要意義；
②編碼區，即開放讀碼框架（ORF），只此1個編碼聚合蛋白；
③3'-非編碼區，位於ORF之後，無編碼病毒蛋白的功能。根據其基因組序列，可分為7個基因型。人類HAV可分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅶ型，多數為Ⅰ和Ⅲ型，僅個別毒株為Ⅱ和Ⅶ型。猴HAV分為Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ型。從我國分離的幾株HAV基因型相同。現知HAV不僅在自然界中發生變異，還可通過動物或細胞培養連傳代誘導產生基因突變株。
