肝硬化結節：肝硬化結節最容易被診斷為肝癌，因為多數原發性肝癌會發展為肝硬化，而肝硬化嚴重者會出現大量增生結節，這種結節與早期肝癌較難區分，建議進行超聲或CT引導下穿刺活檢，以便准確診斷。
肝血管瘤：肝血管瘤和肝細胞癌易混淆，其實血管瘤生長緩慢，一般沒有慢性肝病病史，臨床無乏力、納差、腹脹等表現，體征也不會出現肝掌、蜘蛛痣、黃疸、雙下肢水腫等。
不均勻脂肪肝：部分脂肪肝患者有不均勻的脂肪堆積，有時難以和肝癌區別。臨床上，脂肪肝不會有肝癌患者的全身表現，如腹脹、腹瀉、右側肝區不適、消瘦等。
肉芽腫：一些女性患者因口服避孕藥、寄生蟲感染或者自身免疫功能紊亂等原因，肝髒會出現孤立光滑且完整的結節，影像上難以和肝癌區別。建議進行超聲或CT引導下組織學檢查。
肝膿腫：患者有乏力、低熱、消瘦、肝區不適等臨床表現，發病初期難以和肝癌鑒別，需要結合血常規、AFP、肝功等生化指標綜合判斷。
如果想明確診斷，還要留意以下危險因素：是否有慢性乙、丙肝病史，是否有進食或接觸黃曲霉素病史，是否有長期酗酒史，是否有肝癌家族史。另外，肝癌患者可能會出現鞏膜輕度黃染、肝掌、蜘蛛痣；中晚期會出現腫大淋巴結，雙下肢輕度水腫，而良性病變患者沒有以上體征。
