感染甲肝病毒後，首先在消化道中增殖，在短暫的病毒血症中，病毒又可繼續在血液白細胞中增殖,然後進入肝髒，在肝細胞內復制繁殖。於起病前1～2周，甲肝病毒由肝細胞的高爾基體然向毛細膽管，再通過膽管進人腸腔，從大便排出。在甲型肝炎潛伏末期和黃疽出現前數日是病毒排洩高峰。處在這個時期的患者，尤其是無症狀的亞臨床感染者，是最危險的傳染源。他們的糞便、尿液、嘔吐物中的甲肝病毒，如果未經過很好消毒處理，就污染周圍環境、食物、水源或健康人的手；另外患病者的手（如潛伏期的炊事員）及帶病毒的蒼蠅，也能污染食物、飲水和用具。一旦易感者吃了含有甲肝病毒的食品和未經煮沸或煮熟的污染飲水和食物，或生食用糞便澆灌過的蔬菜、草莓、瓜果等均可患甲型肝炎，引起暴發或散發感染。
個人衛生習慣不良，居住擁擠，人口稠密，環境衛生差的學校、工廠、農村、托幼機構或家庭中，更容易發生甲型肝炎的感染和高度局限性流行；一旦水源污染可引起暴發流行。195o 年瑞典及1978年我國均因食用泥蚶引起甲型肝炎流行，1979 年上海食用醉蟹引起過暴發，1988年因食用甲肝病毒污染的毛蚶引起大暴發，均是糞-口途徑傳播的實例。 近年國外陸續報道，濫用藥物注射及同性戀群體中，甲肝病毒抗體水平和查出率很高，在這些人群中甲肝病毒的傳播途徑主要通過肛-口或被污染的注射用具。
文獻報道，婦女在懷孕期間感染了甲肝病毒，可以通過胎盤或分娩過程傳播給胎兒，但極罕見。甲型肝炎病毒感染無母嬰傳播，對胎兒也無不利影響。研究表明，妊娠合並甲型肝炎，沒有發現甲肝病毒通過胎盤傳播的證據，也無胎兒畸變。
治療後不會復發，不會轉移肝癌，也不要動手術。
