急性甲型肝炎與乙型肝炎、丙型肝炎鑒別不難。甲型肝炎一般呈流行或暴發，以學齡前兒童及青壯年多見，起病急，常有發熱，病前有可疑不潔飲食史，而乙、丙型肝炎多為散發，以成人為主，多無發熱。
甲型肝炎與戊型肝炎有時不易鑒別，戊型肝炎亦呈流行或暴發，亦有不潔飲食史，但發病年齡以15～39歲年齡組為多，且淤膽型的比例較高，而鑒別診斷的主要依據是病毒特異性免疫學檢測。
急性甲型肝炎並須與EBV感染相鑒別，後者發熱時間較長，常有咽峽炎、淋巴結腫大、異型淋巴細胞增多、噬異凝集試驗陽性、抗-HAVIgM陽性等。在鑒別診斷時，還應考慮到全身感染性疾病如傷寒、敗血症等出現的肝大、黃疸、肝功異常。如患者系孕婦尚須與妊娠急性脂肪肝相鑒別，該病見於初產婦，於妊娠後期發病，有深度黃疸，急性腹痛，出血傾向，肝腎綜合征及昏迷等臨床表現，尿膽紅素陰性，超聲波呈典型脂肪肝波形。
此外，急性重型甲型肝炎須與中毒性及藥物性肝炎相鑒別，主要根據病前有無誤食毒物或用藥史。
