肝膿腫診斷明確，應收住院根據其性質分別采取不同治療。病情較輕的阿米巴肝膿腫可門診服用甲硝唑或甲硝達唑0.4-0.8g.口服3/d，療程5-10天，或靜脈點滴1.5-2.0g/d.哺乳期婦女，妊娠3個月內孕婦及中樞神經系統疾病者禁用。氯喹：成人第一、二天1g/d，第三天以後0.5g/d，療程2-3周。細菌性肝膿腫必須住院治療。
細菌性肝膿腫是一種嚴重的疾病，必須早期診斷，早期治療。
（一）全身支持療法：給予充分營養，糾正水和電解質及酸鹼平衡失調，必要時多次小量輸血和血漿以增強機體抵抗力。
（二）抗生素治療：應使用較大劑量。由於肝膿腫的致病菌以大腸桿菌和金黃色葡萄球菌最為常見，在未確定病原菌之前，可首選對此兩種細菌有效的抗菌素，然後根據細菌培養和抗菌素敏感試驗結果選用有效的抗菌素。
（三）手術治療：對於較大的單個膿腫，應施行切開引流，病程長的慢性局限性厚壁膿腫，也可行肝葉切除或部分肝切除術。多發性小膿腫不宜行手術治療，但對其中較大的膿腫，也可行切開引流。
（四）中醫中藥治療：多與抗生素和手術治療配合應用，以清熱解毒為主。
