肝癌診斷，需與以下疾病相鑒別：
1．繼發性肝癌：繼發性肝癌與原發性肝癌比較，繼發性肝癌病情發展緩慢，症狀較輕，其中以繼發於胃癌的最多，其次為肺、結腸、胰腺、乳腺等的癌灶常轉移至肝。常表現為多個結節型病灶，甲胎蛋白檢測除少數原發癌在消化的病例可陽性外，一般多為陰性。
2．肝硬化：肝癌多發生在肝硬化的基礎上，兩者鑒別常有困難。鑒別在於詳細病史、體格檢查聯系實驗室檢查。肝硬化病情發展較慢有反復，肝功能損害較顯著，血清甲胎蛋白陽性多提示癌變。
3．活動性肝病：以下幾點有助於肝癌與活動性肝病的鑒別。AFP甲胎球蛋白檢查和SGPT谷丙轉氨酶必須同時檢測。
4．肝膿腫：表現發熱、肝區疼痛、有炎症感染症狀表現，白細胞數常升高，肝區叩擊痛和觸痛明顯，左上腹肌緊張，周圍胸腔壁常有水腫。
5．肝海綿狀血管瘤：該病為肝內良性占位性病變，常因查體B型超聲或核素掃描等偶然發現。該病中國多見。鑒別診斷主要依靠甲胎蛋白測定，B型超聲及肝血管造影。
6．肝包蟲病：患者有肝髒進行性腫大，質地堅硬和結節感、晚期肝髒大部分被破壞，臨床表現極似原發性肝癌。
7．鄰近肝區的肝外腫瘤：如胃癌、上腹部高位腹膜後腫瘤，來自腎、腎上腺、結腸、胰腺癌及腹膜後腫瘤等易與原發性肝癌相混淆。除甲胎蛋白多為陰性可助區別外，病史、臨床表現不同，特別超聲、CT、 MRI等影像學檢查、胃腸道X線檢查等均可作出鑒別診斷。
