抗病毒治療主要是抑制肝炎病毒的復制，進而達到逐漸清除的目的。據觀察和有關報道，乙肝、丙肝患者在抗病毒治療中，能改善肝功能，隨著血中的表面抗原、e抗原、乙肝病毒脫氧核糖核酸 、丙肝病毒核糖核酸的轉陰，臨床症狀和生化指標都提示緩解。現將目前抗病毒治療比較有效的藥物介紹如下，供治療選用。
阿糖腺苷及單磷酸阿糖腺苷：為人工合成的廣譜抗病毒藥物。治療乙肝可使HBeAg轉陰率達40%左右。用法是阿糖腺苷10～15mg/d/kg加入5%或10%葡萄糖液100～200ml靜脈滴注，每日一次，3周為一療程，副作用有消化道症狀、粒細胞減少。單磷酸阿糖腺苷5mg/d/kg加入10%葡萄糖液100ml中靜滴，每日2次，6～28日後以同量肌注，每日一次。
干擾素及其誘導劑：目前臨床上主要用的是人干擾素和基因工程制得的干擾素，作用機理是抑制病毒核糖核酸和蛋白質的合成，阻止病毒復制，調節宿主免疫系統功能，刺激組織溶抗原I型蛋白合成及其細胞膜的表面的修復。治療慢性乙肝及丙肝，其用法是300～500萬單位，隔日1次肌注，HBeAg轉陰後減為每周3次，療程3～6個月。HBeAg轉陰率40%～50%，HBsAg轉陰率10%。慢性丙肝用同樣方法和療程使血清丙肝病毒核糖核酸水平下降。
干擾素誘導劑：聚肌胞，每日0.5～1mg；潘生丁50ml，每日1～3次口服，3個月為一個療程。兩藥誘導產生干擾素而起抗病毒作用。
無環鳥苷：是一種合成的無環嘌呤核苷類化合物，具有抑制多種去氧核糖核酸病毒的增殖作用，特別在抗疱疹病毒時效力比阿糖腺苷高160倍，且毒性小，但對乙肝病毒抑制機理尚不清楚。其用法是15mg/kg體重，每日加入10%葡萄糖500ml內靜滴，療程2～4周。
干擾素和無環鳥苷聯合應用，療效更好。乙肝和丙肝經用干擾素及其他抗病毒藥物治療後病情都有好轉，對防止急性肝炎轉為慢性肝炎，對慢性肝炎的纖維化有一定的阻斷作用。
干擾素與激素聯合治療慢性乙肝：當單用干擾素治療效果不佳時可以采取類固醇脫離療法，激發乙肝病毒復制後再用干擾素治療，對乙肝病毒增殖活躍的慢性肝炎病人效果較差，用干擾素為佳。用法是強的松40mg/日口服，用4周停藥，2～4周後再用干擾素。阿糖腺苷也可和激素聯合應用，能取得同樣效果。
重組人白細胞介素-2（IL-2）：肌肉注射隔日一次，每次5萬單位，連用8周後，改為隔兩日一次，連用4周。或基因工程干擾素和白細胞介素-2聯合應用。
