1. 1999年第一個口服核苷類似物拉米夫定在中國上市。
2. 1999年實時聚合酶鏈反應 (PCR) 技術開始廣泛用於乙肝病毒核酸 (HBV DNA) 水平的定量檢測。
3. 1999年拉米夫定被用於接受免疫抑制劑治療患者乙肝復發的預防性治療。此後，2001年拉米夫定又用於肝移植後乙肝復發的預防性治療。
4. 2000年發布《病毒性肝炎防治方案》。
5. 2000年公開發表《拉米夫定臨床應用指導意見》，此後多次更新並發表《拉米夫定臨床應用專家共識》。
6. 2002年乙肝疫苗納入計劃免疫。
7. 2002年台灣學者關於HBeAg水平以及HBV DNA水平與肝癌發生率相關性的研究結果公布，與2004年證實拉米夫定可以延緩乙肝肝硬化患者的疾病進展和腫瘤發生的4006研究共同奠定了抗病毒治療延緩疾病進展的重要基石。
8. 2005年《中國慢性乙型肝炎防治指南》面世。
9. 2005年阿德福韋酯在中國上市。同年聚乙二醇化干擾素α2a和恩替卡韋在我國被批准用於治療慢性乙肝。2007年替比夫定和聚乙二醇化干擾素α2b在我國被被批准用於慢性乙肝治療。
10. 2008-2009年出台慢性乙肝抗病毒治療的優化方案。
