干擾素作為一種免疫促進劑在臨床上使用已日趨廣泛，目前是治療丙型和乙型肝炎的一線藥，在腫瘤治療方面亦起到相應效果。有些人認為，干擾素是免疫促進劑，使用它可能只有好處，沒有壞處。其實任何藥物都會有副作用，干擾素的不良反應不僅很常見，而且還多種多樣。
早期不良反應用藥一周內幾乎所有患者都會出現流感樣表現，如發燒、畏寒、身痛、頭痛、出汗、惡心、嘔吐等。症狀較輕時可不予治療，只須適當多喝些開水、臥床休息，一般10日左右症狀便可消失。症狀重者則須服用些解熱鎮痛藥，如阿司匹林、消炎痛等。
中期不良反應用藥1個月後有的病人會出現消化道症狀、皮膚“過敏樣”症狀或精神症狀，如食欲不振、嗳氣、惡心、嘔吐；注意力不集中，眩暈、判斷力障礙、嗜睡或失眠，甚至產生悲觀厭世等精神症狀。如果患者原有抑郁、狂躁病史，則可能會使原發病加重或復發。一般消化道反應較輕者，經2～4周可自行緩解，重者則宜服用促消化藥。皮膚過敏反應一般一周左右可自行消退，不須特殊處理，但應注意避免刺激皮膚。失眠較重者可服用弱鎮靜劑，精神症狀較重時則應立即減藥，或停用干擾素。
部分患者在用藥兩個月後可出現脫發，大劑量用藥時可提前發生，小劑量時可於3個月後發生，女性較男性更明顯。此外還可導致一過性蛋白尿及白細胞和血小板數量下降等骨髓抑制現象，個別患者原有的糖尿病、心髒病可能加重。
雖然干擾素的不良反應在停藥後可以逆轉，副反應的輕重每個人並不一樣，也不一定都會發生，但作為開方用藥的醫生，在使用干擾素前一定要給病人講明利弊，病人一旦用藥，就要有迎接不良反應的思想准備。
