許多患者認為只有“大小三陽全部轉陰”才是乙肝治療的唯一目的。其實，這種觀點是非常不正確的，也不符合目前乙肝治療的實際情況。比較客觀科學的療效判定標准可分為以下幾種：
(1) 臨床治愈血清學生化指標如轉氨酶、膽紅素等恢復正常，臨床症狀明顯改善或消失，不論其病毒學標志如何，均可視為臨床治愈。
(2)降低傳染性在臨床治愈的基礎上，經治療e抗原和血清hbv dna (乙肝病毒基因)陰轉或病毒復制呈明顯下降，此類患者血中無完整的病毒顆粒，故傳染性極低。肝髒損傷相對較輕，對於招工、升學及妊娠應無明顯影響，可進行正常的社會活動，但應堅持復查，觀察病情變化。如出現下述情況之二，則應積極治療：血清hbv dna轉為陽性；肝功能異常，有明顯臨床症狀；e抗原陽轉有明顯肝髒纖維化傾向或早期肝硬化跡象。
(3)病毒清除表現為血清中表面抗原陰轉,血中及肝髒組織的hbvdna檢查均為陰性。且追蹤觀察一年以上無復發；但乙肝病毒的徹底清除仍是尚待解決的問題，國前尚不能以此作為乙肝治愈的唯一標准。
(4)抗體的轉陰。抗體的出現反映機體對病毒的反應性，一般而言，抗體的產生與治療有關，而杭體的消失與治療無關，隨著抗原的消失，其相關的抗體會自然陰轉。抗體陰轉的速度因人而異，也與抗體種類有關。如e抗體自然陰轉時間較短，而核心抗體在體內維持時間可長達十數年。涸此，只要血清學檢測表面抗原、戶抗原為陰性，血清hbv dna陰性，不論其一種抗體或幾種抗體陽性，一般無治療指征，可定期觀察。當然，若表面抗體陰性，可接種乙肝疫茵，但接種劑量及程序與正常人有別，最好同時使用佐劑。
