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利用樹模型預測中藥成分的肝毒性

  蘇州潤新生物科技有限公司研究人員發表論文,旨在建立能夠預測中藥成分肝毒性的定量構效關系(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型。研究指出,用人工合成化合物及中藥成分作為訓練集,建立了對中藥成分的肝毒預測能力較高的推進式決策樹模型。

利用樹模型預測中藥成分的肝毒性

  從LTKB數據庫和國內文獻中收集得到了286個人工合成化合物和62個中藥成分,作為建立預測模型的訓練集,利用簡單決策樹、隨機森林和推進式決策樹3種樹形算法進行模型構建。為驗證模型的預測能力,選擇了22個中藥成分(外部測試集)進行肝毒性實驗,然後將實驗結果與模型預測的結果進行比較。

利用樹模型預測中藥成分的肝毒性

  3種樹形算法模型均具有較好的自我預測能力,模型內部交叉驗證(leave-one-out和leave-10%-out)結果都在78%~85%之間;但簡單決策樹和隨機森林算法構建的模型對無肝毒化合物預測的准確率顯著低於對有肝毒化合物預測的准確率,顯示了較大的對有肝毒化合物預測的偏愛性;而利用推進式決策樹算法所構建模型的預測偏愛性較小,總體預測能力也較高(准確率82%)。因此選用推進式決策樹模型作為最優模型,對外部測試集中22個中藥成分的肝毒性進行預測,准確率達到73%,比單用人工合成化合物作為訓練集所構建的模型有更高的預測准確率和更小的偏愛性。

 

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