抗病毒治療是慢性乙肝治療的關鍵措施，目前抗病毒治療有兩大類藥物一類是干擾素，一類是核苷類似物。病毒徹底清除且永不復發是醫生和患者的共同心願，但是當前的治療手段還遠遠不能實現這一目標。因此在抗病毒治療前讓患者了解治療的預期有利於患者更好地依從治療方案。我們可以把乙肝抗病毒治療的顯效過程粗略地分為以下三個層次。（本文主要針對應用核苷類似物治療的e抗原陽性慢性乙肝）
第一個層次：肝功能恢復正常，病毒定量陰轉，這是我們進行抗病毒的基本目標，多數患者經過核苷類似物治療都可以實現這一目標。病毒定量陰轉，肝功恢復正常提示病毒復制明顯減弱或者停止，肝髒的炎症活動減輕或者消失，疾病一般不會繼續進展。應用核苷類似物的患者大多很容易達到這一層次，值得注意的是達到這一目標並不意味著馬上停止治療，如果很快停藥，病毒復制容易反彈，因此仍應繼續鞏固治療，爭取實現第二個層次的目標。
第二個層次：肝功持續正常，HBVDNA持續陰性，e抗原血清學轉換（e抗原陽性的慢性乙肝）：e抗原陽性的慢性乙肝在實現第一個目標之後繼續鞏固治療，有部分患者可以實現e抗原血清學轉換，即e抗原陰轉、e抗體出現，e抗原血清學轉換預示著機體免疫系統和乙肝病毒之間的力量消長發生重大轉機，實現了免疫控制。實現e抗原血清學轉換是停藥的基本前提。根據我國2010年《慢性乙肝防治指南》，應用核苷類似物治療，e抗原血清轉換後（前提是病毒定量已經陰轉，同時肝功正常）再繼續應用一年可以考慮停藥。之所以把e抗原血清轉換確立為停藥指征，是因為達到這一目標後，患者停藥後相對不容易反彈。但並不是肯定不反彈。
.第三個層次：是在第二個層次的基礎上實現表面抗原轉陰：表面抗原的陰轉預示著HBVDNA的全面清除，臨床上接近痊愈的狀態。實現這個目標後再停止用藥，反彈的幾率更小或者不反彈。當前長期應用核苷類似物治療或者核苷類似物聯合干擾素治療，有越來越多的患者實現了表面抗原的陰轉（請大家務必注意，“越來越多”只是跟以前沒有抗病毒治療的人群比較，實際上能實現這一目標的還是少數人群），這無疑對廣大的乙肝患者是一個福音。但是這還不是當前大多數患者能夠實現的。
2010年我國《慢性乙肝防治指南》提出慢性乙肝治療的總體目標是：最大限度地長期抑制HBV，減輕肝細胞炎症壞死及肝纖維化，延緩和減少肝髒失代償、肝硬化、HCC及其並發症的發生，從而改善生活質量和延長存活時間。也就是說基本目標是第一個層次。但是這個目標並不是一成不變的，醫學在不斷進步，醫生也在不斷探索各種治療方案以期進一步提高患者的e抗原血清轉換率甚至是表面抗原陰轉率。
