慢性乙型肝炎是造成那麼多人肝硬化、肝癌的罪魁禍首，其中80%的人是在未成年時期就感染了病毒。然而卻一直沒什麼好的辦法可以治療乙型肝炎，很多慢性乙型肝炎患者，使用了多種藥物治療，但療效均不明顯，病情總發生反復。有效地治療乙型肝炎已成為世界性的難題，乙型肝炎之所以難治，是因為乙型肝炎病毒常會嵌入肝細胞的DNA裡面，結果是治療後雖然找不到病毒，但還是可能會發病。
首先，乙型肝炎病毒有著堅硬的蛋白質外殼，可以起到保護病毒的作用，因此，治療肝炎的藥物很難直接對病毒產生作用，必須依賴人體自身的免疫功能。
其次，乙型肝炎病毒是在肝髒細胞內進行復制，而治療藥物必須是小分子物質才能進入肝細胞內，並發揮抵抗病毒的作用。乙型肝炎病毒除了存在於人體肝髒以外，在其他一些器官、組織中也可出現，如脾髒、腎、胰、骨髓、淋巴結、睾丸、卵巢及皮膚等，因此抗病毒藥物要發揮作用，必須經過系統的、有足夠療程的治療用藥。
第三，病毒在某些藥物作用下，會發生病毒基因變異，從而產生耐藥性或免疫逃避。因而在選擇治療藥物時應當慎重。
第四，病毒在進入肝細胞後，隨著病程的延長，病毒的部分DNA可能與肝細胞的DNA發生整和，當肝髒細胞的DNA復制時，病毒的基因也會一同復制，一旦發生這種現象，治療難度會明顯加大。
第五，乙型肝炎病毒的復制方式與其他病毒不同，它會形成病毒復制的原始模板cccDNA，穩定貯存在肝細胞核內，而一般的抗病毒藥對模板沒有效果，因而患者在停藥後往往發生病情反復。
此外，乙肝垂直傳播容易形成免疫耐受。感染乙肝病毒的母親通過胎盤感染胎兒，孩子出生後，由於免疫系統發育不完善，免疫功能不健全，不能有效地識別乙肝病毒，從而造成乙肝病毒感染。
