肝囊腫通常增長速度緩慢，如患者囊腫較小，最大直徑不超過3厘米，沒有臨床症狀，則通常不需處理，在工作、運動等日常生活方面也沒什麼需要特別留意的地方，定期復查觀察就行。但假如得了下列幾種肝囊腫，應考慮進行治療。
(1)囊腫扭轉者：指懸垂型囊腫。扭轉後因缺血壞死會產生劇烈疼痛。對此，手術可能是惟一有效治療方法。不過這種懸垂型肝囊腫甚為罕見。
(2)囊腫繼發感染：肝囊腫一般很少繼發感染，但少數肝囊腫可繼發感染，這些患者可有肝區疼痛、發熱、白細胞升高等炎症表現，B超檢查可顯示增厚的囊壁、液性暗區及混雜的增強光點(提示膿液)。對這些患者應及時到醫院治療。
(3)囊腫繼發出血：少數肝囊腫的囊壁血管可自發破裂導致囊內出血。有的患者並無明顯症狀，但也有的患者肝區劇烈疼痛，酷似急腹症，如守舊治療無效應進行手術治療。
(4)巨大肝囊腫：少數肝囊腫生長速度較快，當囊腫直徑超過10厘米，稱之為巨大肝囊腫。近年來，有采用超聲引導下進行囊腫穿刺抽液，囊腔內注入適量無水酒精，可使囊腔閉合；單發性巨大囊腫也可考慮切除；多發性囊腫可考慮部分肝切除術。
巨大肝囊腫的治療方法
一為肝穿刺抽液：這種方法是在B超指引下進行的，用細針將囊內液體吸出，然後將針拔除即可，既簡單又安全，有人主張將囊液吸淨後，注入無水酒精，以破壞分泌囊液的細胞，這種方法最適合年老體弱或恐懼手術者。
二為肝囊腫揭頂手術：手術的關鍵是在吸淨囊液後將大部分囊壁或所有游離的囊壁切除，就像將房頂揭掉一樣，故稱為;揭頂手術。目前腹腔鏡外科在蓬勃開展，肝囊腫手術也可在腹腔鏡下進行。
