丙肝病毒根乙肝病毒一樣可在患者肝髒內大量繁殖，導致肝髒的慢性損害，久而久之，這種肝髒的慢性破壞可導致瘢肝髒的纖維化”，再進一步則可發展為肝硬化甚至原發性肝癌。
藥物聯合，提高療效
丙肝抗病毒治療的發展經過了三個重要階段。
在α干擾素應用到臨床之前，我們沒有特殊的治療方法，α干擾素的治療揭開了丙肝抗病毒治療的新篇章，這是第一個裡程碑；此後發現α干擾素聯合利巴韋林（過去稱“病毒唑”）可以顯著提高抗病毒的效果，因此，利巴韋林作為聯合治療用藥成為丙肝抗病毒治療的第二個裡程碑；2003年在我國上市的聚乙二醇化干擾素聯合利巴韋林的治療方案，達到了目前丙肝抗病毒治療的最高療效，是丙肝抗病毒治療的第三個裡程碑。
如果正確治療，可以使3/4的丙肝患者獲得持續的抗病毒應答。不過，目前仍有部分丙肝患者不重視抗病毒治療，只是進行一般的保肝降酶對症治療。在了解了治療新進展後，患者應增強戰勝疾病的信心，重視正規的抗病毒治療，爭取痊愈的機會，防止發展為肝硬化和肝癌。
治療目標，抑制病毒復制
抗丙肝病毒治療的目標當然是希望能夠徹底清除人體內的丙肝病毒，但在目前條件下還難以做到這一點。因此，只有退而求其次，最大限度地抑制或壓制病毒的繁殖，也就是使血液中的病毒轉陰（實際上是降低到檢測不到的水平）。這樣也能延緩或減輕肝髒的破壞，從而盡量避免發展為肝硬化、肝衰竭或肝癌，同時也能改善生活質量。
抗病毒治療，並非人人適用
不是所有的丙肝患者都需要抗病毒治療。
首先，一定要經過化驗證明血液中的丙肝病毒核糖核酸（HCVRNA）陽性時才需要抗病毒治療。有些人單純丙肝病毒抗體（抗-HCV）陽性，但是HCVRNA陰性，這種情況一般認為是既往發生的丙肝病毒的感染，或處於病情的恢復期，或病程的穩定狀態，不需要抗病毒治療。
目前對於慢性乙肝患者的抗病毒治療，不僅要求其乙肝病毒脫氧核糖核酸（HBVDNA）陽性，而且要求其轉氨酶升高2倍以上，這是因為轉氨酶正常的情況下，抗病毒治療效果很差。
但最近的研究發現：轉氨酶正常的丙肝患者對於抗病毒的療效與轉氨酶升高者相似，所以對血液中HCVRNA陽性的患者，即使其轉氨酶無明顯升高，也可給予抗病毒治療。
