靈芝孢子粉對多種理化及生物因素引起的肝損傷有保護作用。無論在肝髒損害發生前還是發生後，服用靈芝軟膠囊都可保護肝髒，減輕肝損傷。靈芝軟膠囊能促進肝髒對藥物、有害物質的代謝，對於中毒性肝炎有確切的療效。尤其是對慢性肝炎，靈芝孢子粉可明顯消除頭暈、乏力、惡心、肝髒不適等症狀，並可有效地改善功能，使各項指標趨於正常。
臨床上，靈芝孢子粉一向被認為是治療肝炎的良藥，研究報告指出，最好在肝功能還沒有嚴重損害之前用靈芝孢子粉，治療2-5周，效果非常顯著。
靈芝孢子粉治療各種病毒性肝炎的總有效率為73%-97%，顯效率為44%-77%，病人的乏力，食欲不振，腹脹及肝髒疼痛等症狀減輕或消失，谷丙轉氨酶恢復正常或有不同程度降低，腫大的肝脾也恢復正常或縮小。有學者稱，靈芝孢子粉治療HBsAg陽性慢性活動性肝炎，總有效率為90%。一般來說，靈芝對急性肝炎的療效較慢性或遷延性肝炎為好。臨床報導用靈芝治療急、慢性肝炎50例，每日服用3次，連續服用60天。結果：痊愈6例，顯效12例，總有效率為98%。
有報道采用靈芝孢子粉治療黃疽性肝炎11例。每日服用3次，每次4粒，連服13個月。結果：臨床治愈22例，顯效8例，有效9例。總有效率達97%。
李強等觀察110例慢性硬化乙肝炎治療結果表明，靈芝孢子粉復配小牛胸腺肽，使HBeAg陰轉率可達到73.3%，抗HBe陽轉率達59.8%，抗HBc陰轉率為12.9%，無1例產生抗HBs，HBsAg陰轉率為6.8%，優於單用西藥對照組，顯示中西結合比單用西藥治療乙型肝炎有較好療效。
慢性肝炎遷延不愈，日久可發展成嚴重的肝硬化，靈芝孢子粉對肝硬化也有一定的療效。劉潤森等報道，以靈芝孢子粉治療150例各類肝硬化患者，1個療程以上，並進行自身前後對照。結果顯示：主要症狀多在1個月內明顯改善，1個療程總有效率在90%以上；對常見體征如腹水、脾大的總有效率在70%以上：對肝功能及病毒復制指標的總有效率亦在50%以上。在臨床上，治療專用的為醫用級靈芝孢子粉，功效成分10：1以上濃縮的靈芝制劑。
