免疫耐受，病毒復制
由於在感染乙型肝炎病毒後，機體的免疫機制產生一定程度的免疫耐受，即免疫機能相對減弱。使得機體免疫力下降，導致早期乙肝病毒迅速、大量的復制和蔓延，且此時一般很難通過症狀發現，成為乙肝危害的重要因素。
變異耐受，無特效藥
因為乙型肝炎病毒特有的變異和易耐受的特性外，臨床不得當、不科學的治療方法增加了病毒變異速度和耐藥性產生的程度。使得傳統治療，以及抗病毒藥物等治療效果減弱，甚至失去其相應的治療作用。當前也缺少單一，而且有效的特效藥物。
病毒變異，誤診誤治
病毒變異後不能分析HBV的C、P、S、X四個區點具體哪個產生變異，以及變異毒株的類型和特點，因此無法正確的指導臨床治療，導致對病情的診斷和治療的方案產生錯誤的結果。比如S區點基因突變，HBsAg是陰性仍應堅持治療；X區基因變異與肝癌發生密切相關，應高度重視和防治。這也是當前治療的難題之一。
治療效果，盲目臆斷
傳統的治療檢測體系（PCR，HBVDNA，ELISA）已經不能有效的分析不斷變異的HBV的體內復雜的復制情況，以及發展的狀態。更不能監控治療的效果是否有效正確，更不可能實現適時的測控效果，所以限制和影響了診療的動態觀察與校正。
其它主觀性誤區
如延誤病機、失去治療佳機，認識誤區、轉陰就是康復。用藥誤區、傳統治療不當，治療誤區、乙肝都需治療等加劇了乙肝的危害，增加了對肝細胞的損傷，增加了治療的難度。
