藥物劑量過大
中藥治療乙肝非常普遍，一些中藥處方中的個別藥劑量過大，超過國家藥典規定的幾倍，例如川楝子用量達到20克，山豆根達到30克。這些中藥超量使用，對肝髒損害明顯。對兒童患者，劑量一定要把握准確，使用任何藥物治療，都需要根據千克體重數，換算成正確的治療劑量。
藥物劑量過小
干擾素治療乙肝的合適劑量是300萬～600萬單位/隔日，出於對干擾素不良反應的擔憂，不少患者使用的劑量偏小，而300萬單位/隔日以下的劑量，往往起不到治療效果，反而會贻誤病情，甚至產生耐藥性。
用藥時斷時續
有些病人用藥不連貫，想起來就吃藥，想不起來就斷藥;工作一忙，就忘了吃藥;一出差，又忘了吃藥，這些問題時有發生，這種時斷時續用藥，不能保證藥物在血液中恆定和有效的濃度，達不到控制疾病發展的目的。
用藥療程不足
乙肝的抗病毒治療需要時間較長，一個療程至少需要半年至一年時間，其中干擾素療程至少為半年，拉米夫定為一年以上，如果療程太短，根本起不到抑制病毒的作用。抗肝纖維化的療程同樣需要漫長的時間，例如使用復方丹參制劑、復方蟲草制劑等
