飲酒
這是最常見的原因之一，特別是某些病情稍輕的乙肝患者，往往不能把握自己，經常飲酒，酒精進人體內，被乙醇脫氫酶作用後生成乙醛，乙醛對肝髒具有很大的毒性。
擅自用藥
一些患者病愈心切，擅自應用“保肝”、“強肝”藥等;有的輕信廣告，不斷服用藥效可疑的各種所謂的“轉陰”藥。他們不了解有的藥物本身就有肝毒性，多用濫用後必將引起肝損傷。在肝炎患者中有10%～20%為藥物性肝病，據統計，目前有500～1000種藥可致肝損傷。
不遵醫囑
治療中隨意停藥、漏服或加服，有人以為這沒有什麼關系，殊不知抗病毒藥需要長期服用，按醫囑用藥才能保證病情不反彈。
混合感染
乙肝患者可感染丙肝，在慢性乙肝中發生丙肝感染者約10%，乙肝病毒被抑制，丙肝病毒，可能激活。丁肝病毒是一種缺陷病毒，必須依賴乙肝病毒的陽3出才能復制，有時便和乙肝病毒同時感染人體。某些“非嗜肝病毒”，如巨細胞病毒、EB病毒、柯薩奇病毒、疱疹病毒等，也會感染乙肝患者，使轉氨酶再次升高。
乙肝病毒變異
乙肝病毒是最易變異的病毒之一，變異原因之一是人體免疫壓力，為逃避免疫圍剿而變異；變異原因之二是抗病毒藥物的“逼迫”，為了抵御抗病毒藥的攻擊而變異。病毒變異可能導致轉氨酶的再次升高。
自然波動
慢性乙肝在治療過程中出現谷丙轉氨酶、谷草轉氨酶升高，有時是自然波動的結果。所謂自然波動，是乙肝病程中的一種自動反應，即使應用抗病毒藥也不能避免這種波動，轉氨酶下降也常以曲線形式顯示，只要總體上呈下降趨勢就可以了。在應用抗病毒藥的過程中，發現轉氨酶上升，也可能是好事，說明身體內出現了免疫應答，免疫細胞進入清除病毒階段，提示治療有效。
