目前丙肝治療的方法較為統一，那麼，怎樣判斷治療效果的好壞呢？主要從以下幾個方面來進行判斷。
生化應答主要指肝功的恢復情況。治療前肝功異常，主要體現在谷丙轉氨酶和谷草轉氨酶升高等。通過治療，如果肝功恢復正常，可以認為治療有效。但是轉氨酶恢復正常只是一種表象，不能代表治療取得突破，治療效果的體現還在於觀察病毒學及病理學指標的改變情況。
病毒學應答①早期病毒學應答（EVR），指治療12周時血清丙肝病毒RNA定性檢測陰性，或定量檢測降低2個對數級以上。有早期應答易獲得持久性應答，因此早期應答可作為預測持久性應答的指標。如果治療12周時病毒指標沒有任何變化，提示未來治療效果也會不佳，可以考慮改變治療方案。②治療結束時病毒學應答（ETVR），即治療結束時定性檢測丙肝病毒RNA為陰性。③持久性應答（SVR），即治療結束至少隨訪24周時，定性檢測丙肝病毒RNA陰性。這是治療丙肝最為理想的效果。4無應答（NR），指從未獲得EVR、ETVR及SVR者，這是最不好的結果，可能與干擾素抗體以及干擾素選擇種類、劑量不當有關。⑤復發（relapse），指治療結束時定性檢測丙肝RNA為陰性，但停藥後丙肝病毒RNA又變為陽性。如果復發，再次使用標准的治療方案依然有效。⑥治療中反彈（breakthrough），指治療期間曾有丙肝病毒RNA載量降低或陰轉，但尚未停藥即出現丙肝病毒RNA載量上升或陽轉。這與病毒變異和耐藥有關，應改用其他類型的干擾素治療。
組織學應答是指肝組織病理學炎症壞死和纖維化的改善情況。可采用國內外通用的肝組織分級（炎症壞死程度）、分期（纖維化程度）或半定量計分系統來評價。如果治療前患者肝穿病理檢查結果提示肝髒炎症壞死程度為3級，纖維化程度為4級，通過治療後，炎症及纖維化程度都有所下降，證實療效好。通過對肝組織進行免疫組化分析，了解丙肝病毒基因組結構情況有助於判斷抗病毒治療效果。丙肝病毒基因組非結構蛋白NS3和NS5為丙肝病毒復制必須的物質，也是抗病毒治療的重要靶位。通過肝穿組織學檢測，可以了解到NS3和NS5情況，從而判斷抗病毒治療的效果。如果NS3和NS5均消失，提示抗病毒療效好。肝組織學的檢查結果是判斷療效的最有力證據。
丙肝抗病毒治療，下列因素有利於取得理想的持續應答：①丙肝病毒基因型為2、3型者。②丙肝病毒RNA水平＜2×106拷貝/ml。③年齡＜40歲。4女性。⑤感染丙肝病毒時間短。⑥肝髒纖維化程度輕。⑦對治療的依從性好。⑧無明顯肥胖者。⑨無合並乙肝病毒及艾滋病病毒感染者。⑩治療方法以聚乙二醇干擾素（PEG－IFNα）與利巴韋林聯合治療為最佳。
