多數丙肝患者HCV的復制主要局限於肝髒。不過，目前已發現了至少36種與HCV感染相關的多種肝外病變表現。肝外病變表現的患病率尚未闡明，但觀察結果提示，HCV參與肝外病理過程。
HCV感染具有兩種可造成肝外病變的免疫學特點。第一個特點是病毒可逃避免疫清除。這一特點導致慢性感染、循環免疫復合物積聚、與慢性病毒感染有關的自身免疫現象。第二個特點是病毒可刺激單克隆類風濕因子(mRF)的產生。多數患者的mRF具有高度限制性，稱為“WA”mRF。這一特點可引起作為多數症狀性冷球蛋白血症性脈管炎病因的HCV感染相關性II型冷球蛋白血症(HCV-II型冷球蛋白血症)，或稱為Melzer-Franklin綜合征。雖然這一臨床表現和全部肝外病變均相對少見，但由於其發病率和死亡率的增加成為HCV感染的主要肝外病變表現。
混合型冷球蛋白血症的發病率隨肝炎的年限而升高，患有混合型冷球蛋白血症的丙肝患者的病程是無冷球蛋白血症的患者的兩倍。但對於其確切的患病率報告由於病人選擇的偏差而結果不一(35-90%)。
與HCV相關的腎病也是目前的討論較多的話題，NIH最近召開的關於HCV與腎病的研討會上再次探討了為什麼一些冷球蛋白與腎損傷有關，而另外一些不會，是否非冷球蛋白血症相關的腎炎由HCV引起等問題。mRF是丙肝患者發生冷球蛋白血症性腎病的主要致病因子。關於非冷球蛋白血症相關的腎炎與HCV的關系尚待進一步的研究闡明。
對於B細胞感染和淋巴瘤的形成目前的假說是HCV的肝外向性，特別是淋巴向性造成了肝外病變表現，認為淋巴向性參與了自身抗體和非Hodgkin B細胞淋巴瘤(B-NHL)的產生。但尚無確切的證據表明惡性腫瘤細胞中存在病毒，目前重要的問題是HCV是否會在正常B細胞中復制和是否直接導致淋巴瘤生成或淋巴瘤生成是HCV驅動的B細胞增值從而引起的一個隨機的過程。
