人們所講的肝囊腫通常指非寄生蟲性肝囊腫。其真正的發病率尚不清楚，目前臨床上的病理有增多的趨勢，其原因與B超、CT等影象學診斷方法普及有關。肝囊腫中以孤立性囊腫及多囊肝多見，孤立性肝囊腫通常無任何症狀，若囊腫較大可出現壓迫症狀，如腹痛、惡心、腹瀉等。囊腫的發生部位以右肝居多。多發性肝囊腫又稱多囊肝，有半數以上的病人合並有多囊腎，多囊肝常侵犯整個肝髒，也有少數多囊肝病人的病變局限於肝髒的一葉或半肝范圍。
對於孤立性肝囊腫除非發生囊腫破裂、囊蒂扭轉或囊內出血等並發症，進行緊急手術治療外，擇期手術需要根據囊腫的大小、部位和病人的全身情況和自覺症狀而定。體檢中偶爾發現的無症狀的孤立性肝囊腫可以暫時采用保守治療，利用超聲檢查定期觀察，需要警惕惡變的的發生。大的肝囊腫有症狀出現者最好施行手術治療，因為穿刺抽液等保守療法一般容易復發，並且帶來細菌污染可能。多囊肝通常應采取非手術治療，由於其病變累及整個肝髒，除非采用肝移植，否則不能根治本病。然而，多囊肝一旦由於肝腫大壓迫胸腹部影響呼吸循環時，需考慮手術減輕壓力。可根據具體條件用以下手術方法：1.肝切除術；2.囊腫切除術；3.囊腫開窗術或囊腫大部切除術；4.囊腫內引流術；5.囊腫穿刺抽液及硬化術。
多囊肝的手術：除非病變局限於肝的一葉，且伴有症狀；或疑有惡變者，一般多不主張手術治療。多囊肝當發現其中個別囊腫增大迅速，壓迫鄰近髒器，嚴重影響病人日常生活或心肺功能時，可以對較大的囊腫進行反復穿刺抽液。如果病人全身情況良好，肝功正常，也可作開窗術，以減輕壓力，緩解症狀，促使肝細胞再生。有條件者可進行肝移植，以徹底根治本病。
多囊肝合並多囊腎的治療：多囊肝的治療參照以上方案。多囊腎沒有症狀時，可觀察並定期復查腎功能。若出現症狀(如腰痛、血尿、高血壓、腎功能衰竭等)，則需要手術治療，包括穿刺或切開囊腫，降低囊腫壓力，有時可以延緩病變的進展和腎功能衰竭，必要時進行透析療法。根治的方法需要腎移植。
