肝囊腫的治療有分很多種，患者需要按照自己的病症及病情來進行針對性的治療。下面為大家介紹幾種治療方法作參考。
創傷性肝囊腫如果沒有感染或膽汁潴留，可以自行吸收。否則需要做穿刺引流或手術引流。
炎症性肝囊腫需要手術治療原發病如膽管結石、膽道狹窄等。
腫瘤性肝囊腫常常需要手術進行切除。
肝包蟲性囊腫需要手術治療。
先天性肝囊腫絕大部分都不需要處理，只需要定期觀察。一部分生長較快、囊腫較大、伴發感染、出現症狀者需要處理。
先天性肝囊腫處理的原理很簡單，就是把“水球”內的水引出來或讓其不再產生水。包括
①囊腫穿刺抽液術，
②囊腫開窗術，
③囊腫引流術，
④囊腫切除術，
⑤肝移植術。
小一點的囊腫通過穿刺注入無水酒精、破壞囊腫上皮細胞，使其不再產生水，囊腫也就不會長大了。大的囊腫可通過微創手術（腹腔鏡）在囊腫上開一個口子，讓水引流至腹腔，水就可以吸收了。有些囊腫需要切除部分肝髒。
如果是多囊肝采取上述處理就比較困難了，當其影響了肝功能時，唯一的辦法就是肝移植了。
關於先天性肝髒囊腫目前還沒有預防辦法。也不能通過藥物治療和預防。重要的是定期體檢與復查。
