臨床表現急性表現中華肝吸蟲鮮少造成急性症狀，一般上在吃了未煮熟的魚的10到26天內，身體會開始出現發燒、食欲不振、腹部疼痛、肌肉酸痛、關節痛、全身軟弱或浮腫。
一般上這些症狀會持續2到4個星期。肝腫大和淋巴結種大的現象也有可能出現。此時，一般人的血液中的嗜伊紅血球的數量也會大量增加。3到4個星期後便能在病患的糞便中驗出中華肝吸蟲的卵。
慢性表現蟲體吸附在膽管或膽囊，以膽汁作為營養來源，嚴重時會妨礙宿主對脂質的消化和吸收；蟲體的聚集可造成物理性的傷害，若產卵數量大，堆積後甚至可造成膽囊破裂；此外吸蟲的分泌物及排洩物亦具有毒性，可導致纖維化（fibrosis）的病變、引起發炎反應，使血液中嗜酸性球的數量增加，患者也可能出現黃疸、膽結石、肝硬化、多發性肝膿瘍（multiple liver abscess）。
膽管上皮細胞癌慢性感染會增加得到膽管上皮細胞癌的機率。因而使病患體重下降，胃部痛，腹部出現腫塊，黃疸和腹水。目前，沒有人知道慢性病患為何會患上膽管上皮細胞癌。香港的一個臨床研究顯示，那些患上膽管上皮細胞癌的人，67%的人都同時患上中華肝吸蟲的病。這些人能生存下來的機會也不被看好，保守估計為6.5個月。
診斷和治療依據中華肝吸蟲的生活史特性和其所造成之病理表現，主要有數項方式可以作為診斷工具，包括排洩物中的卵、血液檢測、或以十二指腸抽取物質做檢驗。目前praziquantel和albendazole是主要的治療藥物，前者可能帶來頭痛、頭暈、失眠、惡心、嘔吐等副作用，後者副作用雖較小，但效果較差。嚴重的患者，也可能必須進行手術治療。
