丙肝會使肝髒發炎並產生疤痕，這些損傷會導致肝硬化（健康的肝細胞被疤痕組織取代）。肝硬化會減弱肝髒的功能。丙肝感染的起初階段稱為急性丙型肝炎，如果丙肝病毒留在體內超過六個月，就稱為慢性丙型肝炎。
丙型肝炎如不及早治療會導致以下幾種情況：
1、肝硬化和肝癌
丙型肝炎是肝硬化的主要原因，從而也是肝癌的主要致病因素。慢性丙型肝炎患者有20-30%的患者最終發展成肝硬化，少數發展為肝癌。
2、腎髒疾患
50%的患者會表現為輕到中度腎髒功能不全。血凝固性過高、甲狀腺功能障礙、維他命D缺乏和高脂血症也可能是其表現。
3、皮膚並發症
慢性丙型肝炎可以導致皮膚並發症，如冷球蛋常懷利血症、荨麻疹、多形紅斑、結節性紅斑等，最常見的是冷球蛋常懷利血症。
4、內分泌疾病
丙肝引發糖尿病的機率較高;還容易合並有甲狀腺功能的改變，常見的甲狀腺功能異常有：甲減、甲亢、橋本氏病、抗甲狀腺抗體升高、自身免疫性甲狀腺炎等。
