脂肪肝的臨床表現多無症狀，多數患者都是在健康體檢上面發現的。也有部分患者有症狀，表現為乏力，精神減退、惡心等。這些症狀說明脂肪肝是比較嚴重的，可能還會誘發其他疾病。
不同病因所致脂肪性肝病，其病程和預後有所不同。非酒精性脂肪肝病程相對較長，一般呈良性經過，但有30%左右病例會發展成脂肪性肝炎，而後者的15%～50%有肝纖維化，7%～25%可發展為硬化。酒精性脂肪肝如能戒酒，預後也良好，在1月或數月後肝內脂肪可逐漸消退，但是如果持續飲酒，可在數年內出現肝硬化。如得不到有效治療，脂肪肝發生纖維化的發生率高達25%，約1.5%～8.0%的患者可進展為肝硬化。一旦發展為肝硬化，其預後與一般的肝硬化相同。
脂肪肝本身與肝癌並無直接關系，但脂肪肝的病因之一（酒精）及其所致的肝硬化與肝癌有一定的關系。據西方國家統計，脂肪性肝病可使50歲以下患者的壽命縮短4年，使50歲以上患者的壽命縮短10年。
