乙肝病毒感染可以導致肝細胞脂肪變性，但其程度較輕，一般很少能達到診斷脂肪肝的標准，目前還沒有足夠的依據證明乙肝病毒在脂肪肝的形成中起了重要作用。同樣也沒有證據可以提示脂肪肝患者容易感染乙肝病毒。
同時存在脂肪肝和慢性乙肝的患者臨床表現往往比單純慢性乙肝的患者更明顯，更容易出現肝區脹滿、疼痛的症狀，肝髒的炎症、纖維化情況往往出現更早、進展更快，發展到肝硬化的幾率更大。只進行保肝、對症治療，症狀往往不容易緩解，肝功能恢復相對困難。
合並脂肪肝的慢性乙肝會使本來效果都不太令人滿意的抗病毒治療療效大打折扣，導致抗病毒治療起效慢、有效率降低，由於抗病毒耗費較大，最終可能造成人力、財力的浪費。所以，建議存在脂肪肝的慢性乙肝患者應盡早積極治療脂肪肝，使相對容易治療、控制的脂肪肝及早治愈，掃除抗病毒治療的路障。
