絕大多數慢性脂肪肝預後良好，如能早期診治，可以阻止脂肪肝的進一步發展，尤其是單純性脂肪肝，消除病因後，可使其逐漸恢復，甚至使其逆轉。但有些如四環素、黃磷中毒、妊娠等引起的急性脂肪肝，預後險惡，死亡率很高。
病毒性肝炎合並脂肪肝時，其預後基本上取決於病毒性肝炎本身的病情進展。由於脂肪肝可以使機體脂類代謝異常，能量代謝發生紊亂，從而降低了機體對細菌、病毒的清除和防御能力，可加重原有疾病。因此設法消除脂肪肝，有助於恢復機體的消化功能和肝功能，有利於恢復健康。
脂肪肝一般在短期內不至於發展為肝硬化，但如果脂肪肝病情較重，肝功能損害明顯，則有可能向肝纖維化和肝硬化發展，如果發展成為肝纖維化或肝硬化，則其預後與一般的門脈性肝硬化相同。
