到目前為止，西藥尚無防治脂肪肝的有效藥物，以中藥長期調理性的治療最好。
中藥中以制何首烏和山楂最好，這兩種藥能降低血脂，防止膽固醇在肝內沉積，如服用嵩山首烏茶，一般需要1-3月可以見效，B超為檢驗效果的依據。西藥常選用保護肝細胞、去脂藥物及抗氧化劑等，如維生素B、C、E、卵磷脂、熊去氧膽酸、水飛薊素、肌苷、輔酶A、還原型谷胱甘肽、牛磺酸、肉毒鹼乳清酸鹽、肝泰樂，以及某些降脂藥物（例如：肝旨清） 等等。
上述藥物雖然很多，但大多仍需要進一步驗證其療效以及安全性，因此，應在醫生指導下正確選用，切不可濫用。但一般而言，如果僅僅是脂肪肝，而不是肝性腦病，以上藥物中維生素B、C、E、卵磷脂、肌苷、輔酶A、還原型谷胱甘肽、牛磺酸、肉毒鹼乳清酸鹽等維生素及內源性氨基酸類的藥物安全性非常高，而且也不會像聯苯雙酯類的藥物停藥後還出現反彈。
