磁共振(MRI)掃描對診斷脂肪肝不敏感，無論從信號強度，還是計算馳豫時間，均難以與正常肝組織區分開來，這與肝內含水量不增加有關。臨床上可利用MRI這一弱點鑒別CT上難以確診的脂肪肝與肝癌。病變肝髒因脂肪含量較高，在MRI各加權序列上信號均有輕度升高，局限性者與正常肝髒間分界不清，且無占位效應，雖動態增強掃描病變區與正常肝有相似的時間密度曲線，但由於MRI缺乏CT值那樣的定量分析指標，僅憑MRI診斷脂肪肝很難。國內多數學者認為，在目前技術條件下，當臨床上懷凝脂肪肝對應首選CT而不是MRI，多種影象技術的綜合應用對脂肪肝，特別是局灶性脂肪肝的鑒別診斷可能有幫助。因此，目前MRI及肝動脈造影主要用於超聲及CT檢查診斷困難者，特別是局灶性脂肪肝難以與肝髒腫瘤鑒別時，且又不能作肝穿刺活栓的病人。
脂肪肝的數字減影血管造影表現為肝動脈輕度擴張，全部分支呈現充血性傾向，但病灶中的血管形態、走行和分布均無異常，無病理性血管征象，無腫瘤血管。由於它是創傷性檢查，價格昂貴，設備技術要求高，很少用於脂肪肝的診斷。
