由於肝髒具有強大的代償功能，一些輕微的組織病變不一定會出現臨床表現。此外，一些肝病患者根據臨床症狀及血清學檢測結果無法判斷其疾病的種類和程度時，通過肝髒活檢可以准確地觀察到肝細胞壞死程度和纖維組織增生程度。
如一些資料表明，臨床上肝功能正常的乙型肝炎病毒攜帶者，經肝活檢發現約有10％的人肝組織基本正常，70％的人肝組織有輕微的病變，20％的人有慢性活動性肝炎或肝硬化。前80％的感染者可暫時不進行治療，而後面20％的患者則需要及時治療。一些肝組織損傷較重的患者，通過對肝髒病變范圍和程度的觀察，還可以對病變的發展和預後做出評估。此外，在治療過程中，如使用干擾素、拉米夫定等抗病毒藥物，通過對治療前後肝組織炎症和纖維化程度的對比，判斷該藥對患者的療效，以確定進一步的治療方案。
對於慢性肝病患者，穿刺出的肝組織不僅要在病理科做普通染色，而且還需做Masson、網狀纖維等特殊染色，判斷纖維化程度。另外，對一些診斷不明確的病人還需要做HBsAg等病毒學及細胞因子的免疫組織化學檢測。而另一些患者的肝細胞漿內和肝細胞膜上如果檢測出大量的HBcAg，則提示病毒復制活躍，這些患者需要進行抗病毒治療。此外，有些患者血清病毒標志物均為陰性，查找不到病原體，通過免疫組織化學染色方法還可以檢測出某些病毒，從而明確診斷。
臨床上對肝移植術後病人定期進行肝活檢，有助於早期發現有無急性排斥反應等肝移植術後並發症。臨床醫生及時調整免疫抑制劑及其他藥物或采取其他治療手段，可預防或協助病人安全度過危險期。
因此，肝組織活體檢查是肝病診斷時必不可少的一種檢測手段和依據，在多數情況下是肝病臨床診斷病情的“金標准”。部分病人對肝穿抱有畏懼心理，其實肝穿並不可怕。術前應進行血小板計數，出、凝血時間，凝血酶原活動度檢查，確定在正常范圍內。然後經B超定位，找到最適合的肝穿部位，局部麻醉後，用細針穿入肝包膜，隨醫生“吸氣—呼氣—屏氣”。在屏氣的一剎那間，醫生即將穿刺細針刺入肝髒，取出直徑1毫米、長度1～1.5厘米的肝組織，全程僅需1～2秒鐘。術後平臥2～6小時，24小時內不洗澡，第二天就可正常上班，對身體沒有影響。
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肝穿又稱肝組織活檢，通常使用一種特制的穿刺細針，利用負壓原理，在B超引導下穿刺取出一小塊肝組織。此檢查痛苦小，成功率高，是一種普遍使用的常規肝病檢查方法。取出的肝組織經切片染色後，在顯微鏡下直接觀察肝細胞的形態及病理改變。肝活檢因能直觀了解肝組織的病理變化，在肝病診斷中起著極其重要的作用。
