干擾素α的常見不良反應有流感樣症狀、外周血細胞和血小板計數下降、內分泌和代謝性疾病、消化道症狀和神經精神異常等。這些不良反應的發生率有高有低。
應用干擾素α出現不良反應後，應該及時就診，在醫生指導下根據具體情況進行處理。掌握一些常見不良反應的處理原則，對解除病人對不良反應的恐懼有一定幫助。下面就具體聊聊常見不良反應表現和處理：
流感樣症候群表現為發熱、頭痛、肌痛和乏力等，可在睡前注射干擾素，或在注射干擾素同時服用解熱鎮痛藥。
一過性外周血細胞減少中性粒細胞絕對計數≤0.75×109/L和（或）血小板< 50×109/L，應降低干擾素劑量；1~2周後復查，如恢復，則逐漸增加至原量。中性粒細胞絕對計數≤0.5×109/L和（或）血小板<25×109/L，則應暫停使用。
對中性粒細胞明顯降低者，可試用粒細胞集落刺激因子 (G-CSF) 或細胞粒巨噬細胞集落刺激因子 (GM-CSF) 治療。
精神異常可表現為抑郁、妄想、重度焦慮等精神病症狀。對症狀嚴重者，應及時停用干擾素，必要時會同神經精神科醫師進一步診治。
自身免疫性疾病一些患者可出現自身抗體，僅少部分患者出現甲狀腺疾病 (甲狀腺功能減退或亢進)、糖尿病、血小板減少、銀屑病、白斑、類風濕關節炎和系統性紅斑狼瘡樣綜合征等，應請相關科室醫師會診共同診治，嚴重者應停藥。
其他少見的不良反應包括腎髒損害 (間質性腎炎、腎病綜合征和急性腎衰竭等)、心血管並發症 (心律失常、缺血性心髒病和心肌病等)、視網膜病變、聽力下降和間質性肺炎等，應停止干擾素治療。
