作為治療慢性乙肝的藥物，干擾素並非唯一選擇；而且干擾素本身還存在許許多多的副作用，因此使用起來就要非常謹慎。
在開始抗病毒治療前，首先應當了解乙肝患者是否存在藥物禁忌證或易於出現藥物不良反應的情況。一旦發現這樣的情況，就應該選擇口服核苷類藥物，而不是干擾素。
干擾素的絕對禁忌證包括妊娠、精神病史、未控制的癫痫、酗酒或吸毒，未經控制的自身免疫性疾病、失代償期肝硬化、有症狀的心髒病、治療前中性粒細胞計數＜1.0×109/ L或血小板計數＜50×109/ L。
相對禁忌證包括甲狀腺疾病、視網膜病、銀屑病、既往抑郁症史、未控制的糖尿病、未控制的高血壓、膽紅素偏高特別是以間接膽紅素為主者。
從上面的介紹中不難發現，干擾素的使用會面臨全身多器官疾病的發生風險，所以需要在有經驗的醫生指導下使用。
而確定干擾素治療前，也需要病人同醫生的充分溝通，才能讓醫生詳盡了解病人的以往病史，只有這樣才能保證用藥安全。
