據美國癌症協會的估計，去年美國新發肝癌病例為18920例，死於肝癌的人數為14270例。患病原因包括肝炎、肝硬化、過量飲酒以及導致人患上慢性肝髒炎症的各類疾病。根據科學家對動物的研究表明，咖啡可以起到保護肝髒的作用，降低患肝癌的危險。位於東京的專家小組分析了一組為期10年的公眾健康研究所得出的數據，以確定咖啡是否對人也具有同樣功效。他們發現，在過去的10年中，那些從未飲用或很少飲用咖啡的人每10萬人中平均有547.2人患上肝癌。相比之下，那些每天都飲用咖啡的人每10萬人中患肝癌的人數為214.6。研究人員還發現，每天飲用1至2杯咖啡對人的肝髒會起到保護作用，而飲用3到4杯這種保護作用就會相應增強。但他們無法比較一般咖啡和無咖啡因咖啡在保護肝髒方面是否有所不同，因為在日本，人們很少消費無咖啡因咖啡。
咖啡中的咖啡因可使人處於一種緊張狀態，其他一些研究表明咖啡因會促使很多人處於一種警覺狀態。一些研究表明，咖啡因會加重絕經期的一些症狀，或加劇一些抗生素的副作用。大量服用咖啡因還會導致婦女流產。但科學家通過在老鼠身上所做的實驗表明，含有咖啡因的護膚霜可以降低患皮膚癌的危險。位於休斯敦的德州大學安德森癌症中心的R帕莫爾比斯雷醫生對此評論說：“這是一項有趣而又充滿爭論的研究，他們得出的結論似乎是成立的。這項研究成果將會促使研究人員進行更為深入的研究。”
通過統計，研究人員發現飲用咖啡與降低患肝癌的危險二者之間存在重要的聯系，但這需要在其他人群中進行重復驗證。研究人員尚未完全弄清楚為什麼咖啡可以降低人患肝癌的危險。但是日本的這個小組注意到，咖啡中含有大量的抗氧化劑。通過在動物身上所做的實驗表明這種化合物有抑制肝髒患癌症的功效。
由於綠茶中含有與咖啡中不同的抗氧化劑，在他們的研究中，這個小組還對綠茶在防肝癌方面的作用也進行了研究，他們發現飲用綠茶和患肝癌概率二者之間並無聯系。這個小組稱：“其他一些尚無法確定的物質可能也有防癌作用。”另一個單獨的研究小組在他們的報告中指出，飲用含有咖啡因的咖啡與患結腸或直腸癌二者之間並無聯系。但分析結果發現，經常飲用兩杯或更多無咖啡因咖啡的人患直腸癌的概率要比其他人低52個百分點。
