第一，病毒特點不同，乙肝病毒感染之後存在與肝髒細胞的核裡面，而丙型肝炎病毒一般在肝髒細胞的胞漿裡，這樣一個區別，對於治療來講可能乙肝的治療更復雜一些，丙肝的治療相對來說更簡單一些。
第二，乙肝在母嬰傳播過程中它的愈後相對是比較重一些的，如果媽媽傳給孩子，這種情況90%都會變成慢性化。丙肝如果是媽媽傳給孩子的話，相對來講影響不是特別大，大多數會清除病毒。但是在成年人的感染不同，乙肝的成年感染相對來講慢性化很少，而丙肝成年人感染比較多，而丙肝大多數發生在成年感染，所以丙肝影響比較大。
第三，臨床表現不同。乙肝相對臨床表現明顯，丙肝的臨床表現不是很明顯。
第四，診斷方面乙肝有健康攜帶者，丙肝沒有這個概念。乙肝的健康攜帶者並不是說真的是健康的，只是患者的轉氨酶是正常的，可能肝髒組織沒有真正炎症，但是病毒是存在的，只是健康攜帶者。但是丙肝的概念是只要有病毒就是說明有肝髒炎症，有丙肝病毒就應該考慮治療。
第五，臨床診斷上大家對乙肝了解比較多，所以大家在很多體檢都會去查乙肝，但是對於丙肝由於不太了解，所以體檢都不含丙肝，這樣往往丙肝病人容易漏掉。
第六，臨床表現相對丙肝來講比較隱秘一些，而乙肝比較明顯，這個會影響病人的就診，也會影響病人對於疾病的追蹤觀察影響。
第七，治療方面的不同。丙肝主要是在肝髒細胞泡漿裡，乙肝在細胞核裡面比較難治。另外一方面，我國大多數的乙肝病人是嬰兒期或者是圍生產期傳播的，容易發生免疫耐受，而丙肝是成年人的傳染，通過治療之後能夠取得更好的效果。
