1.流感樣症候群：表現為發熱、寒戰、頭痛、肌肉酸痛、乏力等，可在睡前注射IFNα，或在注射IFNα同時服用非甾體類消炎鎮痛藥，以減輕流感樣症狀。隨療程進展，此類症狀逐漸減輕或消失。
2.骨髓抑制：一過性骨髓抑制主要表現為外周血白細胞和血小板減少。1～2周後復查，如恢復，則逐漸增加至原量，則應停藥。對於中性粒細胞明顯降低者，可用粒細胞集落刺激因子或粒細胞巨噬細胞集落刺激因子治療。
3.精神異常：可表現為抑郁、妄想症、重度焦慮和精神病。其中抑郁是IFNα治療過程中常見的不良反應，症狀可從煩躁不安到嚴重的抑郁症。因此，使用IFNα前應評估患者的精神狀況，治療過程中也要密切觀察。抗抑郁藥可緩解此類不良反應。對症狀嚴重者，應及時停用IFNα。
4.IFNα可誘導自身抗體的產生：包括抗甲狀腺抗體、抗核抗體和抗胰島素抗體。多數情況下無明顯臨床表現，部分患者可出現甲狀腺疾病(甲狀腺功能減退或亢進)、糖尿病、血小板減少、溶血性貧血、銀屑病、白斑、類風濕性關節炎和系統性紅斑狼瘡樣綜合征等，嚴重者應停藥。
5.其他少見的不良反應：包括腎髒損害(間質性腎炎、腎病綜合征和急性腎衰竭等)、心血管並發症(心律失常、缺血性心髒病和心肌病等)、視網膜病變、聽力下降和間質性肺炎等，發生上述反應時，應停止治療。
