乙肝病毒（HBV）通過皮膚、粘膜進入機體後，迅速通過血流到達肝和其他器官，包括胰腺、膽管、腎小球基底膜、血管、皮膚、白細胞和骨髓細胞等。HBV在肝外組織中可潛伏下來並導致相應病理改變和免疫功能的改變。
乙型肝炎慢性化的發生機制還未充分明了，但有證據表明，免疫耐受是關鍵因素之一。由於HBeAg是一種可溶性抗原，HBeAg的大量產生可能導致免疫耐受。
近年來注意到各種細胞因子在乙型肝炎發病機制中的作用。在嚴重肝損害的乙型或丙型肝炎患者血清中，腫瘤壞死因子（TNF）及白細胞介素1、6（IL-1、IL-6）水平均顯著高於健康人及慢性遷延性乙型或丙型肝炎患者。這些細胞因子的產生可能與T細胞與抗原之間的相互作用有關，也可能是機體清除病毒的手段之一。
