小腸改道手術、胃成形術治療肥胖症、膽胰改道手術以及廣泛小腸切除等外科手術也可引起脂肪肝，肝內脂肪沉積增加常發生於手術後6個月內，以後漸減，直至改道手術的2～3年後。它主要是脂肪組織中脂肪酸被動用之故，這類患者血液內必需氨基酸含量也降低，它與蛋白質–熱量不足的營養不良所見相似，細菌毒素和石膽酸也可能起不良作用，這或許可解釋所伴隨的肝壞死與纖維化。重新吻合腸道，恢復腸道正常走向，並補充必需氨基酸，可使肝內脂肪堆積消退。
此外，外科手術後患者高脂肪高熱量飲食，並限制活動，可引起短期內體重明顯增加，並導致脂肪肝。因此，術後營養補給不要過度，並盡早適當運動及術後保健，保持大便通暢，以利於體力恢復和維持理想體重，從而預防脂肪肝等營養過剩性疾病的發生。
