第一個誤區：病毒變異很可怕
許多患者對抗病毒治療過程中的病毒變異問題都有一些錯誤的認識，認為病毒變異很可怕，會導致疾病不可治療，有的甚至誤認為病毒變異就是癌變，以為會使肝髒長出腫瘤來。因此會出現前面所舉的例子中，三個肝硬化患者有兩個因為害怕變異不敢治療。
實際上這些認識都是不正確的。病毒變異是很正常的事情，任何生物都可以在適應外界環境的情況下發生變異。比如說我們的流感病毒，年年都在發生變異。一些細菌也會在抗生素的作用下產生耐藥，發生變異。農民每天摸鋤把，手上磨出繭子，實際上是皮膚發生變異來適應環境。長期使用一種藥物治療，病毒也會通過變異來逐漸適應抗病毒藥物所造成的環境，產生耐藥性。這與肝細胞癌變是完全不同的兩回事。
從病毒變異至耐藥也是一個逐漸形成的過程。體內的耐藥病毒會隨著治療時間的延長而逐漸增多，一旦耐藥病毒在體內形成優勢，HBVDNA則再次升高，隨後可能發生肝功能異常。因此，只要患者能夠每三個月到醫院進行一次檢查，檢測HBVDNA和肝功能，醫生會很容易地發現早期病毒變異。在醫生的指導下調整治療是完全能夠解決病毒耐藥問題的。另外，盡管病毒變異後有可能導致肝功能反彈，但實際上在病毒變異之前的抗病毒治療中肝髒組織學已經從抗病毒治療中獲益，得到很好的修復。而且，現在已經有了可以治療耐藥病毒的藥物，只要早期發現變異，完全可以通過改變治療方案再次控制住疾病的發展。變異是所有抗病毒藥的一個共性，耐藥可防可治，只要在醫生指導下用藥就能偷竊應對耐藥問題。
第二個誤區：新藥貴藥療效好
一些患者在治療開始的時候總是告訴醫生，要用最好的藥物治療，價格貴點沒有關系。還有一些患者以為選擇最新上市的藥物就是最好的。有一位肝硬化的患者是外地來京的打工者，由於發病初期病情較重，他要求醫生給他用最好的藥物治療。但他當時根本沒有考慮到抗病毒治療的長期性和以後的醫藥負擔。在疾病控制以後，他開始感覺到每個月一千多元的藥費無法承受了。沒辦法，只得選擇隔日服藥，甚至常常漏服或停藥，結果病情再度惡化，出現腹水、黃疸，顯些發生肝衰竭。後來，醫生告訴他，像他這樣的乙肝“小三陽”患者，HBVDNA復制水平較低，不一定要選用抗病毒作用很強的新藥。在醫生的建議下，他換用了比較便宜的抗病毒藥物治療，並提高了治療的依從性，終於能夠堅持治療，達到了滿意的療效。這個例子說明，選擇治療藥物既要考慮到患者的病情和藥物的療效，也要考慮到患者長期治療所能承受的醫藥費用，每種藥物都有各自的優缺點，不一定就是最新最貴的藥物最好。選擇一種能夠堅持長期治療，不良反應少，且又可以達到滿意療效的藥物才是最佳的治療方案。
第三個誤區：漏服幾次沒關系
有一位患者在抗病毒治療初期，在父母的監督下能夠按時服藥，因此療效很好，血中的HBVDNA一直保持在檢測不到的水平。後來離開了父母，加上工作忙，經常出差，所以常常忘記服藥，出現病毒學反彈。開始醫生以為是出現了病毒耐藥，但經過了解後，醫生考慮到可能是患者沒有按時服藥的原因。於是，對患者進行了治療依從性教育。患者堅持每天服藥後，再次達到了滿意的療效。
在艾滋病抗病毒治療的研究中，醫生發現，患者服藥的依從性直接影響到藥物的療效。在服藥率大於95%（每100天漏服的次數少於5天）的患者，藥物的療效可以達到80%以上；而服藥率在90%～95%之間，只有64%的患者達到滿意療效；服藥率減少到80%～90%時，僅有25%的患者達到療效。慢性乙型肝炎的抗病毒治療也是同樣的。因此，在抗病毒治療期間，每20天漏服藥物的次數不能超過一次；若超過一次，療效則降低了15%；若每周漏藥1次，藥物療效比依從性好的患者可降低55%以上。
治療的依從性不好不但直接影響到藥物的療效，還會使病毒更容易發生變異，導致耐藥的發生。這是因為在強有力的抗病毒藥物作用下，病毒一旦被徹底抑制，很難找到適應藥物的機會。但是，如果經常漏服、少服，血液中藥物的濃度就不能保持在有效抑制病毒的血藥濃度之上，這裡就會出現少量病毒復制，這些在低藥物濃度下復制的病毒就很容易慢慢地對抗病毒藥物產生適應，發生變異而產生耐藥性。
