常見並發症有關節炎(12%～27%)，腎小球腎炎(26.5%)，結節性多動脈炎等，應用直接免疫熒光法及電鏡檢查，發現關節滑膜上有HBV顆粒，血清HBsAg持續陽性的膜性腎小球腎炎患者，腎活檢腎小球組織中曾發現有HBcAg沉積，本院對180例腎小球腎炎患者作腎穿刺檢查，發現腎內有HBcAg沉積者33例(18.3%)，並發結節性多動脈炎者的病變血管壁上可見HBcAg，IgG，IgM，C3等組成的免疫復合物沉積，少見的並發症有糖尿病，脂肪肝，再生障礙性貧血，多發性神經炎，胸膜炎，心肌炎及心包炎等，其中尤以糖尿病和脂肪肝值得重視，少數患者可後遺肝炎後高膽紅素血症。
